Baba Cafer Türbesi, tarihi ve manevi derinliğiyle dikkat çeken bir yapıdır. Hikayesi, çeşitli dönemlerde yaşanan olaylarla şekillenmiş ve halk arasında farklı rivayetler oluşturmuştur. İstanbul’un fethinden önceki dönemlerden günümüze uzanan bu türbe, hem bir ibadet yeri hem de tarihsel bir sembol olarak önemini korumaktadır. Zindanı ve çevresiyle birlikte, pek çok efsane ve anıya ev sahipliği yaparak ziyaretçilerini kendine çekmektedir.

Baba Cafer Türbesi'nin hikayesine dair farklı rivayetler bulunmaktadır:

• Bizans dönemi: Baba Cafer, Hz. Muhammed soyundan gelen (seyit), evliya bir zattır. İstanbul’un fethinden önce Bizans döneminde burada zindanda tutulmuş ve şehit olmuştur.
• Emeviler dönemi: Bazı kaynaklara göre Baba Cafer, Emeviler döneminde İstanbul’a gelen bir Arap komutandır. Bizanslılar tarafından zindana atılmış ve orada vefat etmiştir.
• Osmanlı dönemi: Bir başka görüşe göre Baba Cafer, Osmanlı döneminde yaşamış bir veli veya mutasavvıftır.

Türbenin hemen yanında, Bizans döneminden kalma Baba Cafer Zindanı bulunmaktadır. Bu yapı, Osmanlı döneminde de kullanılmış olup, devlet suçluları ve önemli kişilerin cezalandırıldığı bir zindan olarak kullanılmıştır.