1988 ile 1991 yılları arasında gerçekleştirilen arkeolojik kazılar, Anadolu'nun tarihine ışık tutan birçok önemli buluntuya ev sahipliği yaptı. Bu süreçte farklı bölgelerde yapılan çalışmalar, yerleşimlerin sosyal ve ekonomik yapısını anlamamıza yardımcı olacak değerli eserler ve kalıntılarla doluydu. Özellikle dokumacılıkla ilgili buluntular, bölgedeki ekonomik faaliyetlerin çeşitliliğini ortaya koyarken, insan figürleri ve diğer nesneler ise dönemin kültürel zenginliğini gözler önüne serdi.

1988-1991 yılları arasındaki kazılarda bulunan bazı önemli eserler ve kalıntılar şunlardır:

• İkiztepe Kazıları (1988). 4000 civarında pişmiş toprak dokuma tezgah ağırlıkları ve kirkitleri bulundu. Bu, İkiztepe'nin bir dokumacılık merkezi olduğunu göstermektedir.
• Höyücek Kazıları (1991-1992). Küçük buluntular arasında çok sayıda figürin ve idol yer almaktadır. Ayrıca, taştan keski ve baltalar ile damga mühürler de ele geçmiştir.
• Uçağızlı Mağarası (1989). Mağarada, Kalkolitik Çağ'a ait çanak çömlek parçaları ile hayvan ve insan iskeletleri bulundu.

Bu dönemde yapılan kazılarda ayrıca, Anadolu'da bronz çağı öncesi insan figürleri, Neolitik ve Erken Kalkolitik Çağ yerleşimleri gibi önemli bulgular da ortaya çıkarılmıştır.